В соответствии с абзацем 3 пункта 2 статьи 230 Кодекса (в редакции, вступающей в силу с 1 января 2016 года) налоговые агенты представляют в налоговый орган по месту своего учета расчет сумм налога на доходы физических лиц, исчисленных и удержанных налоговым агентом (далее - расчет по форме 6-НДФЛ), за первый квартал, полугодие, девять месяцев - не позднее последнего дня месяца, следующего за соответствующим периодом, за год - не позднее 1 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом, по форме, форматам и в порядке, утвержденным приказом ФНС России от 14.10.2015 N ММВ-7-11/450@ "Об утверждении формы расчета сумм налога на доходы физических лиц, исчисленных и удержанных налоговым агентом (форма 6-НДФЛ), порядка ее заполнения и представления, а также формата представления расчета сумм налога на доходы физических лиц, исчисленных и удержанных налоговым агентом, в электронной форме".
В этой связи налоговые агенты, начиная с отчетного периода первого квартала 2016 года, обязаны ежеквартально представлять в налоговые органы по месту своего учета расчет по форме 6-НДФЛ.
Учитывая абзацы 4, 5 пункта 2 статьи 230 Кодекса (в редакции, вступающей в силу с 1 января 2016 года), налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, представляют расчет по форме 6-НДФЛ в отношении работников этих обособленных подразделений в налоговый орган по месту учета таких обособленных подразделений.
Кроме того, обязанность налоговых агентов представлять расчет по форме 6-НДФЛ в налоговый орган по месту своего учета корреспондирует с обязанностью налоговых агентов уплачивать совокупную сумму налога, исчисленную и удержанную налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником выплаты дохода, в бюджет по месту учета налогового агента в налоговом органе. При этом налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.
При этом глава 23 "Налог на доходы физических лиц" Кодекса не содержит норм, предоставляющих налоговым агентам, имеющим обособленные подразделения, самостоятельно выбирать обособленное подразделение, через которое производилось бы перечисление налога и, соответственно, представление расчета по форме 6-НДФЛ.
Учитывая изложенное, расчет по форме 6-НДФЛ заполняется налоговым агентом отдельно по каждому обособленному подразделению независимо от того, что состоят данные обособленные подразделения на учете в одном налоговом органе.