Компании было отказано в возмещении НДС из-за пропуска трехлетнего срока на заявление вычета. После этого отказа организация учла сумму невозмещенного НДС в размере 1 млрд. рублей во внереализационных расходах. Однако налоговики признали незаконным увеличение убытка на сумму НДС, и сняли указанные расходы.
Обратившись в суд, налогоплательщик привел следующие аргументы. Во-первых, сумма невозмещенного НДС является безнадежным долгом. Организация лишена права на ее взыскание в связи с тем, что срок давности истек. Во-вторых, нормы налогового законодательства (подп. 20 п. 1ст. 265, подп. 49 п. 1 ст. 264 и п. 1 ст. 252 НК РФ) предусматривают открытый перечень расходов, принимаемых к вычету при исчислении налога на прибыль. Они позволяют списать на расходы любые затраты, понесённые при осуществлении деятельности, направленной на получение дохода. В данном случае затраты на уплату НДС связаны с извлечением дохода с использованием построенного объекта (терминала). В-третьих, статья 270 НК РФ не содержит запрета на включение в расходы НДС, по которому утрачено право на судебное и внесудебное взыскание.
Однако суды всех инстанций, включая Верховный суд, согласились с инспекций. Прежде всего, суды напомнили, что по правилам статьи 170 НК РФ учесть «входной» НДС в составе расходов по налогу на прибыль можно только в случае его учета в стоимости поименованных в указанной статье товаров, работ, услуг. Повторное включение НДС в состав расходов по налогу на прибыль на основании статьи 252 НК РФ (в качестве затрат, понесенных при осуществлении деятельности, направленной на получение дохода), неправомерно. Налогоплательщик не вправе вместо уменьшения начисленной суммы НДС уменьшать налоговую базу по налогу на прибыль организаций. Другими словами, не может выбирать, принимать ли НДС к вычету или учитывать его в качестве расхода по налогу на прибыль. А в данном случае включение в расходы НДС, по которому не был заявлен вычет в течение трехлетнего срока, является тем самым выбором, который не предусмотрен налоговым законодательством.
Кроме того, право на возмещение спорной суммы НДС не было признано ни налоговым органом, ни судом, рассматривавшим дело о правомерности отказа в возмещении НДС (в связи с пропуском трехлетнего срока). Таким образом, инспекция не признавалась должником, а значит, суммы НДС безнадежным долгом не являлись. С учетом изложенного суды признали: вовремя не возмещенный НДС учесть в расходах нельзя.